В первой серии сезона обычная японская школьница Усаги (Банни) Цукино по дороге в школу спасает от издевательства детей чёрную кошку с отметиной в форме полумесяца на лбу. Позже эта кошка приходит к Усаги домой и рассказывает ей, что та не простая школьница, а воин — Сейлор Мун и что она должна найти других воинов и Лунную Принцессу, чтобы победить их врага — Тёмное Королевство. Борьба с демонами оказалась не такой простой, как показалось Банни на первый взгляд, однако у неё в первых же сериях появляется защитник — незнакомец в чёрном плаще и маске, появление которого предвещает красная роза.

Усаги удаётся найти ещё трёх воинов в матроске: Сейлор Меркурий, Сейлор Марс, Сейлор Юпитер, но одновременно с этим у Тёмного Королевства тоже появляются новые воины: Нефрит, Зойсайт и Кунсайт (а до этого её главным врагом был Джедайт). Нефрит в процессе поиска серебряного кристалла влюбляется в подругу Усаги — Нару и даже собирается перейти на сторону сейлор воинов, но его убивают демоны Зойсайта.

Вскоре Зойсайт узнаёт, что Мамору скрывается за маской Такседо Маска и ранит его ножом в плечо. Чтобы отобрать Радужные кристалы у Такседо Маска, он заманивает его в ловушку. Усаги, увидев, что Мамору ранен, следует за ним, но тоже вместе с ним попадает в ловушку Зойсайта. Зойсайт хотел убить обоих, но Усаги раскрывает себя и превращается в Сейлормун. Тогда Зойсайт атакует Сейлормун, но Мамору, превратившись Токседо Маска, закрывает её собой. Слеза Усаги пробуждают Серебряный Кристалл, а вместе с ним воспоминания о прошлом и все узнают, что Усаги — это переродившая принцесса Луны Селенити, а Мамору — принц Земли Эндимион. До всех этих событий появляется пятый воин в матроске — Сейлор Венера с верным другом котом Артемисом.

Тем временем в Тёмном Королевстве Королева Берил решает воскресить короля Металлию, для чего ей нужен Серебряный Кристалл. Она отправляет Кунсайта за раненым Такседо Маском и когда тот похищает его, превращает Такседо Маска в Тёмного Эндимиона, передав ему часть энергии короля Металлии и отправляет его забрать у Сейлор Мун Серебряный Кристалл.

Усаги пытается заставить Мамору вспомнить о том, кто он. Эндимион не может забрать у Сейлор Мун Серебряный Кристалл, каждый раз находя новые отговорки, тогда Кунсайт берёт дело в свои руки и, заманив сейлор воинов на северный полюс, убивает их по одному с помощью сестёр-демонесс. В конце Усаги остаётся одна, но её любовь к Мамору и желание чтобы смерть подруг не оказалась напрасной, помогает ей победить Королеву Берилл и уничтожить Тёмное Королевство.

Все воины возрождаются, однако они теряют память и не помнят, кто они и что они были когда-то знакомы…

Данный сезон включает в себя две истории: про Дерево Мира Духов и про Хрустальный Токио и войну с Немезисом.

Нашему миру снова грозит опасность и опять требуется помощь воинов. Но после битвы на Северном полюсе они ничего не помнят и вернулись к обычной жизни, они даже не знают, что когда-то были знакомы. Позже они встречаются и вспоминают о прошлых жизнях. Случается это очень вовремя — на Землю в районе Токио падает метеорит, а вместе с ним новые враги — Эйл и Анна. У пришельцев есть волшебные карты Таро, с помощью которых они освобождают демонов-кардьянов, а также Древо Мира Духов — разумное растение и предок их расы, последними представителями которой Анна и Эйл являются. Под видом брата и сестры, Седжуро и Нацуми Джинго, они проникают в школу Усаги и начинают собирать энергию людей, без которой сами Чужие и Древо погибнут. Мамору теряет память, и теперь борьбу за его любовь начинают Усаги и Анна. Седжуро же влюбляется в Усаги, а в него — Макото. Одновременно с этим на помощь сейлор-воинам приходит таинственный Рыцарь Лунного Света, уж очень похожий на Такседо Маска. Против новых врагов у девочек не хватает сил, и тогда они получают новые жезлы и атаки! В итоге поверившие в добро Чужие вместе с ростком очищенного Древа улетают на поиски нового мира, а Мамору вспоминает своё прошлое и возобновляет отношения с оданго-атамой. Однако история не окончена — на Усаги неожиданно сваливается «сестра» — вредная, очень похожая на неё девочка по имени Чибиуса. Как выясняется, она является будущей дочерью Усаги и Мамору, отправившейся в прошлое, чтобы найти Серебряный кристалл, утерянный в её времени.

В Хрустальном Токио будущего враги — изгнанный когда-то с Земли на ледяную планету Немезис Клан Тёмной Луны, сообщество революционеров-аристократов, готовы уничтожить их мир. Король Эндимион и королева Нео-Серенити не в силах защитить планету без Серебряного кристалла, а воины-хранители ещё недолго смогут продержаться, чтобы не дать планете пасть окончательно.

Понимая, что кристалл — ключ к победе, немезисцы тоже совершают путешествие во времени, желая завладеть кристаллом ещё в прошлом. Чтобы защитить мир от поползновений новых врагов, реальная мать Сейлор Мун из прошлого — королева Селенити, дарует ей новую силу. Первыми охоту за Чибиусой начинают четыре сестры-преследовательницы: Петцайт, Калаверайт, Бертрайт и Кермецайт, а командует ими глава вооружённых сил Немезиса — Красный Рубин (Кримсон Рубиус). Помимо поиска Чибиусы, сёстры занимаются размещением Тёмных Клиньев, чтобы уничтожить энергетический центр Хрустального Токио. Одна за другой сёстры-преследовательницы переходят на сторону добра и становятся обычными людьми, а Красный Рубин похищает Чибиусу и сейлор-воинов на свой НЛО, но те сбегают с его корабля с помощью сейлор-телепортации. На охваченной огнём летающей тарелке появляется ещё один член Клана Тёмной Луны — Зелёная Изумруд (Грин Эсмеруд), которая оставляет погибать своего коллегу в страшных муках, а сама занимает его место. Изумруд продолжает устанавливать Тёмные Клинья, она, в свою очередь, подчиняется двум принцам Немезиса — Алмазу и Сапфиру, в первого она тайно влюблена. Алмаз остаётся равнодушен к её чувствам, в его сердце живёт любовь к новой королеве Серенити, которая благополучно уснула по его же вине, защищая Хрустальный Токио. Когда воины отправляются в будущее, чтобы спасти город, Алмаз подмечает удивительное сходство Сейлормун с будущей королевой и похищает её. Сейлормун не отвечает на его пламенные чувства и сбегает с лёгкой руки любимого Мамору. Понимая, что для Алмаза она только член команды, Изумруд решается на отчаянный шаг — попросить помощи у коварного и таинственного Мудреца, который выполняет роль местного оракула. Он обращает её в страшного змея. Изумруд нападает на воинов, но они побеждают её. В тоске после поражения она погибает. Эта участь постигает и несчастного Сапфира, который узнаёт о планах Мудреца погубить Землю, и пытается ему помешать. Случайно Мудрецу открывается истинная правда о силе Чибиусы. Играя на её чувствах, он заманивает её к себе и обращает в Тёмную Леди. При этом из маленького ребёнка она превращается в юную девушку. Воины пытаются вернуть её, но терпят неудачу. С её помощью Мудрец открывает Тёмные врата, которые должны погубить Землю. Тем временем Алмаз предпринимает ещё одну попытку добиться любви Сейлормун. Она оборачивается для него трагически. Защищая её, он погибает. Сейлормун и Мамору удаётся вернуть Чибиусу. Чувствуя свою вину за произошедшее в прошлом (она явилась прямой виновницей исчезновения серебряного кристалла) Чибиуса помогает Сейлормун расправиться с Мудрецом и защитить мир.

У девочек появляются новые враги — таинственный профессор и его подручные, Каоринайт и компания «Ведьмы Пять», которые собирают чистые сердца для возрождения Мессии Безмолвия (в русском варианте — «Мессия Тьмы»), которой должна стать маленькая девочка Хотару Томоэ, подружка Чибиусы. Чибиуса же вернулась в прошлое, где стала Чиби Сейлор Мун. Кроме неё, девочкам стали помогать также Сейлор Уран и Сейлор Нептун, которые заняты только поиском сердец и мессии. Также появляется Сейлор Плутон и, соединив их талисманы, появляется чаша «Святой Грааль», которая превращает Усаги в Супер Сейлор Мун. Но ещё до этого появляется другой новый жезл Усаги, который родился от её с Мамору любви. По сути, атака Супер Сейлор Мун — это усовершенствованный «жезл любви». Во время сражений с демонами у Хотару тоже просыпается странная, неуправляемая сила. Сначала воины этого не замечают, потом беспокоятся, потом запрещают маленькой леди дружить с Хотару. Но Чибиуса не слушается их, и её чистое сердце скармливают Хотару, которая превращается в Мессию Безмолвия. Усаги пытается исцелить Хотару, но вместо этого получается, что Святой Грааль вызывает Фараона 90 и исчезает. Но любовь отца (злой профессор) возвращает Хотару память, и более того — превращают её в Светлую Сейлор Сатурн, последнего воина Системы. Усаги и Сатурн отправляются на сражение и побеждают — правда, Хотару стала очень маленькой, о ней заботится подобревший отец, а в начале пятого сезона ее берут на воспитание Уран, Нептун и Плутон..

Чибиусе снится сон, где она общается с странным белоснежным крылатым конём, который представляется Пегасом. А на Землю под прикрытием солнечного затмения прибывает Цирк Тёмной Луны под командованием Цирконии, которая отправляет своих слуг на поиски Пегаса, на защиту которого встают Усаги и все воины. Пусть враги сильны, но Пегас даёт Усаги новую силу — правда, и превращаться, и атаковать она может только вместе с Чибиусой. Но, как оказывается, ни Амазон Трио, ни Квартет Амазонок (главные слуги Цирконии), ни даже сама Циркония не главные враги девочек — их главный враг правительница Нехеления, которая лелеет мечту быть вечно молодой. Ко всему прочему, Пегас оказывается не просто образованной лошадью, а Гелиосом, хранителем волшебного Мира Мечты, Иллюзиона. Ради исполнения своей мечты Нехеления похищает у Чибиусы её мечту и даже бросает её в пропасть. Но Гелиос, а потом и Усаги спасают Маленькую Леди. В результате Нехеления удалилась, цирк исчез, а Супер Сейлор Мун и Супер Чиби Мун получают новое дополнение к своему «принцесскому» превращению — крылья...

Пятый сезон встречает нас радикально переработанной заставкой с совершенно иной музыкой. В начале сезона выясняется, что предыдущие враги не погибли полностью и необходимо закончить начатое. Но сезон начинается не в этом: вскоре на планету прибывает трое воинов — Сейлор-воинов из другой системы. Они ищут свою принцессу, бежавшую с их родного мира, захваченного Галаксией, разыскивающей звёздные семена и новой целью выбравшей Землю и её защитников. Нехеления уцелела и решила взять реванш за первую попытку. Совместными усилиями при помощи вернувшихся Урана, Нептуна и Плутона, а также Хотару, им удалось обратить Нехелению к свету. Но на этом приключения не заканчиваются. Вновь выросшая Хотару, а точнее Сейлор Сатурн, собирает всех воинов системы для ритуала, где они скидываются силами и Усаги становится «Вечной Сейлор Мун», получая совершенно новый костюм (трёхслойная юбка, новые сапоги, новая матроска и белоснежные парные крылья за спиной) и новый жезл. Мамору собирается на учёбу в Америку, Усаги провожает его в аэропорт, где он делает ей предложение руки и сердца, на которое она отвечает согласием. Самолёт поднимается в небо, но Мамору не добирается до пункта назначения… Впервые появляется Звёздная Галаксия и пытается отобрать у Мамору звёздное семя хранителя Земли… Он не знает кто она и на что способна, поэтому кидается в бой, но она опережает его и забирает звёздное семя. Умирая, Мамору говорит торжествующей Галаксии что на этой планете он не один и что воины в матросках поставят её на место… В это же время появляются новые герои — три сейлор-воина из другой Системы (Сейлор Звёздная Воитель, Сейлор Звёздная Целитель и Сейлор Звёздная Творец), которые прячутся под видом трёх парней из школы Усаги и являются по совместительству звёздами шоу-бизнеса, а также маленькая новая Воительница Чиби-Чиби. Но с новыми друзьями появляются и новые враги — Сейлор Галаксия, которая отбирает у воинов-сейлоров их звёздные семена, а также её верные слуги. Против врагов у девочек не хватает сил сражаться, но Чиби-Чиби, а потом и все воины ещё раз улучшают трансформацию Усаги. Этими силами Усаги побеждает четырёх слуг Галаксии, а впоследствии и переделывает в добрую саму Галаксию. Усаги плачет о том, что осталась одна. Воины, которые были лишены звездных семян защищая принцессу, возрождаются и приходят к ней, так паря в воздухе, они радуются победе и откуда ни возьмись, появляется Мамору, с Чиби-Чиби на руках и говорит, что малышка привела его обратно, Усаги кидается к нему на шею и все счастливы. Принцесса старлайтов тоже возродилась, иннеры и Мамору на крыше провожают лайтов домой. Вечером все празднуют победу, аутеры уезжают, Усаги спрашивает у Мамору, любит ли он её, ответ да…